Trnka je spoluzakladateľom Esetu, najväčšej IT firmy v slovenskom vlastníctve. Esetu, v ktorom je naďalej konateľom, vlani stúpli tržby, ale mierne klesol hrubý zisk, takže mierny pokles jeho spolumajiteľov sa prejavil aj v rebríčku.
Popri hodnote podielu vo firme tvoria majetok spoločníkov Esetu aj historické dividendy. Čistý zisk totiž Eset od roku 2009 generuje ročne od 50 do 75 miliónov eur a spolumajitelia si vyplácajú významnú časť. Pred vyše desaťročím, keď odišiel z manažmentu, začal Trnka podnikať aj v realitách: v rodnej Trnave zrekonštruoval niekoľko budov v centre.
V Bratislave vybudoval študentské centrum Binarium v Mlynskej doline, pod Slavínom sa stal majiteľom Rotundy. Pred rokmi si kúpil sídlo aj na chorvátskom pobreží. Rodinnú firmu Trnka Gastronomy s podnikmi v Trnave a v Bratislave vlastní syn Michal, v Trnka Investments si drží väčšinu otec.
Ako investor do startupov bol pri štarte Photonea, firmy pre 3D robotiku, etických hekerov Citadelo a Nethemba podporil v HackTrophy. Od roku 2014 podporuje nadáciu Zastavme korupciu, dlhodobo pôsobí v Nadácii Eset. Na jeseň minulého roku oznámil, že sa sťahuje do Česka, keďže je sklamaný z pomerov na Slovensku.
